相続登記が免税になる3つのケース！登録免許税の計算方法も紹介

「相続登記の手続きではどのような税金が発生するの？」「免税措置の適用は受けられないの？」とお悩みの方もいるでしょう。相続した不動産の名義を、被相続人から相続人へと移す際には登録免許税の負担が必要です。

登録免許税は法務局に対する手数料で「固定資産税評価額×0.4%」で算出されます。登録免許税は原則として相続人が負担するものの、一定の条件を満たすことで免税されるのが特徴です。

登録免許税の免税措置が適用されるのはどのようなケースか、計算方法とあわせてみてみましょう。

相続登記の際は登録免許税がかかる

不動産の種類や面積にかかわらず、相続登記には登録免許税がかかります。相続登記とは相続財産の所有権を移転するための手続きで、登録免許税とは所有権移転登記の際に法務局に対して支払う手数料です。

納税すべき金額は、対象不動産の固定資産税評価額×0.4%です。現金での納付が原則ですが、3万円以下の場合は収入印紙でも問題ありません。また、オンライン申請ならば電子納付も認められています。

税金が発生すると聞くと、相続登記をしないで放置したいと考える方もいるでしょう。しかし、登記をしないと公に権利の主張ができません。譲り受けた不動産を売却したり、融資の担保に活用したりなどは認められないのです。

現状では相続登記するかしないかは任意ですが、2024年4月1日から相続登記義務化が始まります。正当な理由がないにもかかわらず、期限までに登記申請をしないと、罰則が科されるのです。

登録免許税の計算方法については、記事後半で詳しく解説します。

【概要】登録免許税が免税になる3つのケース

登録免許税が免税になるのは以下の3つのケースです。

• 相続登記の前に被相続人が死亡した場合
• 不動産の価額が100万円以下の場合
• 相続人が所有権の保存登記を行う場合

「相続登記の前に被相続人が死亡した場合」「不動産の価額が100万円以下の場合」は所有権移転の登記です。「相続人が所有権の保存登記を行う場合」とは表題部のみ登記された土地の所有権甲区を書き足すことです。表題部には不動産の現況が記され、所在・地番・地目・地積などが該当します。

所有権移転登記にかかる登録免許税の免税措置は、平成30年度の税制改正で導入されました。続いて令和3年度の改正によって、免税措置の対象となる登記の種類に、表題部の所有者の相続人への保存登記が加わりました。

登録免許税の免税措置の適用を受けるには期限までの申請が必要です。申請期限を超過してしまうと、他の条件を満たしていても、原則どおり登録免許税を負担しなくてはいけなくなるでしょう。

当初は令和4年3月31日までに申請の必要があったのですが、法改正によって令和7年3月31日までに期限が延びています。

ケース1.相続登記の前に相続人が死亡した場合

登録免許税が免税になる1つ目のパターンが、相続登記を行う前に相続人が死亡した場合です。数次相続と呼ばれ、被相続人から名義を移さずに放置すると起こりやすくなります。利用条件や必要な手続き、注意点をみてみましょう。

利用条件

登録免許税の免税措置を受ける条件は次のとおりです。

所有者不明土地の減少を目的として、長期にわたって相続登記が未了の土地を解消するために設けられた制度です。不動産の名義人が死亡して、その相続人が自己の名義に移す前に亡くなったとき、一部の登記にかかる登録免許税が免除されます。

必要な手続き

数次相続における登録免許税の免税措置を受けるための、特別な手続きはありません。前述のとおり、申請書に「租税特別措置法第８４条の２の３第２項により⾮課税」と書き入れます。

申請窓口で口頭による申し出をするだけでは、適用を受けられないので注意してください。登記申請書には次の内容について記載します。

本来なら固定資産税課税証明書等の資料を用いて、ご自身で登録免許税を算出し、所定の欄に書き入れます。免税措置の条件を満たす場合、計算は不要です。

利用時の注意点

二次相続にかかる登録免許税の免税措置は、被相続人から死亡した相続人(中間相続人)に移転する際の費用のみ、適用されることに注意が必要です。中間相続人から、現在の権利人に名義を移す際にかかる登録免許税は、負担しなければいけません。

具体的な事例をもとに解説します。

被相続人の祖母が死亡(以下Aとみなす)し、相続人の父(以下Bとみなす)が相続手続きの前に亡くなって、息子Cが不動産の権利を取得したとします。

上記のケースでは一部の例外を除き、2つの登記が必要です。登記の内容と登録免許税の免税措置との関係は次のとおりです。

• A→Bへの所有権移転登記(免税可)
• B→Cへの所有権移転登記(免税不可)

登録免許税の免税措置を受けるためには、Cが不動産の権利を取得することは必須ではありません。Bが生前、他人に土地を売却していても、一次相続の登録免許税は免除されます。

条文には「相続により土地の所有権を取得した場合において、当該個人が当該土地の所有権移転登記を受ける前に死亡した場合」とあります。つまり、登記の前に相続人が亡くなっていればよく、譲り受けた不動産の所有権が現在誰にあるのかは不問だと考えられるのです。

本制度は、二次相続で財産を取得した子どもや孫を保護する制度ともいえます。名義をご自身に移す際の登録免許税に加えて、死亡した親の名義変更時の税金まで負担するとあっては大変です。

ケース2.相続財産の価額が100万円以下の場合

2つ目のケースは、譲り受けた土地の価額が100万円以下の場合です。令和4年度の税改正によって、本特例の対象となる金額が、10万円から100万円に引き上げられました。対象範囲が広がり、より利用しやすくなったといえます。

詳細な利用条件や必要な手続き、利用時の注意点について解説します。

利用条件

100万円以下の土地にかかる登録免許税の免税措置の適用条件は次のとおりです。

令和4年度の税制改正によって、本免税措置の申請期限が令和7年3月31日まで延長したとともに、適用対象となる土地の範囲が全国に拡大されました。

管轄の法務局や土地の所在にかかわらず、相続財産の価額が100万円以下であれば、登録免許税の免税措置の適用を受けられます。

税制の改正前は市街化区域外の土地であることが条件でした。住宅や商業施設が建ち並び、人が暮らすのに適した地域が「市街化区域」です。市街化区域外とはあまり人が住んでいないエリアを示し、山林や田んぼ、畑などが多くあります。

前提として登録免許税が免除されるのは土地のみです。土地の上に建物がある不動産の場合、その家屋や物置は課税対象です。

土地の価額が100万円以下でも建物の登録免許税は支払う必要があるため、注意しましょう。

必要な手続き

不動産の価額が100万円以下の場合における、登録免許税の減免措置を受けるために特別な手続きはありません。

申請書に「租税特別措置法第84条の2の3第2項により⾮課税」と書き入れてください。その他の記載事項や記入箇所は二次相続と同様です。

利用時の注意点

不動産の価額が100万円以下の特例を利用する場合、他の相続人との共有にいたった際には注意が必要です。適用の基準を満たすかどうかは土地全体の価格ではなく、共有している割合を乗じた後の金額で判断します。

固定資産税課税証明書での評価額が200万円でも、申請者となる相続人の持分が1/3の場合は、対象から外れてしまうのです。

不動産の価額を判定する際には、固定資産税評価額を用います。購入時の価格や路線価、公示価格は無関係です。

相続した土地の固定資産税評価額は、市役所で取得できる固定資産税評価証明書や、毎年5月〜6月頃に送付される固定資産税の納税通知書でも確認できます。

迷いやすいのは1件の申請書で、複数の不動産をまとめて相続登記に出すケースです。たとえば評価額90万円の土地A、評価額200万円の土地Bを同時に申請する場合、登録免許税の免税措置の扱いはどうなるのでしょうか？

結論からいうと土地Aのみ適用を受けられます。免税の可否は申請1件の全体の評価額ではなく、個別の不動産ごとに判定するためです。

ケース3.相続人が所有権の保存登記をする場合

3つ目は相続人が所有権の保存登記をする場合です。令和3年度の税改正によって追加されたもので、所有権の移転ではなく保存登記であることが他のケースと異なります。

保存登記とは地目や地番など土地の基本情報のみの登記簿に、所有者が誰か追記するためのものです。相続登記では通常、被相続人から譲り受けた土地や建物の所有権を相続人へと移します。

保存登記はイレギュラーなケースで、実際に行うのは限られた場合のみです。所有権の保存登記で登録免許税が免税になる場合における利用条件等を解説します。

利用条件

所有権の保存登記にかかる登録免許税の免税措置の利用条件は次のとおりです。

前述した相続財産の価額が100万円以下のケースとまったく同じです。

必要な手続き

他の免税措置と同様、申請書に「租税特別措置法第84条の2の3第2項により⾮課税」と書き入れるだけで問題ありません。新たに戸籍や住民票等の書類を取得する必要はありません。

利用時の注意点

登録免許税の減免措置を受けられるのは、土地の表題登記に限られることにご注意ください。表題登記は主に建物の新築時に行われる行為の一つです。

新たに建物が建設された場合、どのような建築物なのか公示します。表題登記では権利の所有者や種類は記載できないため、別途「保存登記」が必要です。

所有者が決まっていない時点で表題登記だけ済ませたあと、手続きを行った方が死亡してしまう場合があります。この土地を譲り受けるためには、表題部の所有者の相続人による所有権の保存登記が必要です。

表題部の登記しか存在しない土地と聞いて、イメージしにくい方もいるでしょう。新たに土地が生まれた場合、建物の新築と同様、表題登記から甲区の所有権の登記まで一括で行われるのが通常です。

例えば現金で土地を購入したときは、表題登記で止まってしまうことも少なくありません。資金調達のために取得したので、はじめから土地を利活用する気がないからです。所有者が死亡し、相続が発生して初めて所有権の保存登記に移ります。

相続登記の登録免許税の計算方法は？

相続登記における登録免許税の納付額は、評価額に一定の割合を乗じて算出されるのが特徴です。計算式は「相続財産の固定資産税評価額×0.4%」です。譲り受ける不動産の価額を超えることはあり得ないので、税金で過度な負担が生じるとは考えにくいでしょう。

登録免許税をご自身で計算する場合、以下のポイントを意識しましょう。

算出の基礎となる相続財産の評価額を間違える方が散見されます。

市役所で取得する固定資産税評価証明書に「価額」や「評価額」と記載があります。「固定資産税課税標準額」は固定資産税の算出の基礎となる金額です。名称は似ていますが、登録免許税とは関係ないので注意しましょう。

また、登録免許税の算出方法は特殊です。記載された課税価額をそのまま計算に用いるのではなく、1,000円未満を切り捨てます。

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